گنجینه‌ی نفایس: این موزه در دو طبقه در ضلع جنوب شرقی حرم مطهر واقع شده است. طبقه‌ی اول آن شامل گنجینه‌ی قرآن است که در حال حاضر، ۷۹ قرآن نفیس و ارزشمند شامل آثار منسوب به امام علی، امام حسن مجتبی، امام حسین، امام زین‌العابدین و امام رضا (علیهم السلام) را به نمایش گذاشته است. هدایای مقام معظم رهبری و هدایای استاد محمود فرشچیان نیز در این موزه هستند. این گنجینه از صحن کوثر قابل دسترسی است.

موزه‌ی فرش: اولین گنجینه‌ی تخصصی فرش و منسوجات ابتدا در ساختمان گنجینه‌ی قرآن و نفایس مشغول به کار شد و سپس در سال ۱۳۹۰ به ساختمان فعلی آن در صحن کوثر منتقل شد. هم‌اکنون حدود ۱۰۰ تخته قالی و قالیچه‌ی نفیس با ارزش تاریخی و هنری که قدمت برخی از آن‌ها تا دوران صفویه نیز بازمی‌گردد، در این موزه به نمایش گذاشته شده است.

موزه‌ی مردم‌شناسی: موزه‌ی مردم‌شناسی در کنار مقبره‌ی امیر ملک‌شاه در ضلع جنوب غربی حرم مطهر رضوی قرار داد. این ساختمان در گذشته گرمابه‌ای بوده که از طریق وقف در زمان حکومت شاه عباس صفوی به حرم واگذار شد و پس از بازسازی در سال ۱۳۸۵، به موزه تغییر کاربری داد. علاوه بر اشیاي به نمایش گذاشته شده در موزه، ساختمان حمام نیز ارزش زیادی دارد. این موزه از طریق صحن جامع رضوی قابل دسترسی است.

بنیاد پژوهش‌های اسلامی

دانشگاه علوم اسلامی رضوی

کتابخانه‌ی مرکزی آستان قدس رضوی یکی از عجایب حرم امام رضا (ع) به شمار می‌آید. این کتابخانه‌ی غنی با بیش از ۷ میلیون مراجعه‌کننده یکی از فعال‌ترین کتابخانه‌های ایران به شمار می‌آید. قدمت برخی از کتاب‌ها و اسنادی که در این کتابخانه نگهداری می‌شود، به ۱۲ قرن پیش برمی‌گردد. این کتاب‌خانه در ضلع شمالی بست شیخ طوسی قرار دارد.